Os momentos mais sombrios são cortesia de seu vilão Lusamine. Ela é uma mãe cruel e abusiva para seus filhos.
Mesmo o fofo e cômico Pikmin pode ser devorado em massa pelos terríveis habitantes do planeta se o jogador for descuidado.
O principal vilão do jogo é Hyness e seu objetivo é convocar o Deus das trevas Void Termina para acabar com toda a existência.
O vilão depois de perder a mulher que amava, Bleck cedeu ao desespero e planejou destruir o multiverso.
O jogo tem inimigos aterrorizantes, e até mesmo aliados como o Happy Mask Salesman parecem distintamente perturbadores.
Metroid Fusion deu pesadelos a muitas crianças com sua história e imagens aterrorizantes.
O único jogo de terror com classificação M que a Nintendo publicou , Eternal Darkness é o último jogo que muitos esperariam ver a marca da Nintendo.